Так его ж во второй части не восстановили в звании
Его Совет нафиг послал, типа "ничего не знаем, официально ты погиб, а тут внезапно появился в компании радикальной группировки"

Разве во второй спектров распустили?
Вроде же просто Шепарда не захотели восстанавливать в звании, потому как официально он погиб, а тут внезапно припёрся на корабле "Цербера", которых мягко говоря не особо любили (вроде считали очень радикальной закрытой группировкой)

Да, третья часть кладет хуй на всё, что ты делал в течении игры)
И в конце ты выбираешь один из трёх лучей